親として心配ですね。その気持ち、痛いほどよくわかります。友達関係か何か原因となることが必ずあるはずです。他人にはどうでもよい些細な事でも、本人にとっては苦しくてたまらないということがあります。きっかけが必ずあると思います。それが言える環境を作ることが大切かと思います。自分(子供)の悩みがそれほど大きな悩みでないと思ってくれるように、海とか草原とか大自然に身を置くのもいいかもしれませんよ。プラネタリウムを見に行くのもいいかもしれませんね。何を話しても大丈夫、誰にも言わないよと安心させてあげることかと思います。(もうすでにそういう事はされているかもしれませんが・・・)音読時、顔がこわばるということですが、以前音読しているとき何かあったのかもしれませんね。先生に言って様子を見てもらうのと、原因の一つになっているならしなくても許してもらうのはどうでしょうか。
また、保健室登校は甘やかすことではないと思います。子供の心は嘔吐をするくらい傷ついているのですから、保健室に登校できるなら保健室登校でいいかと思います。原因が和らげば新学期・新学年になるタイミングで教室に戻ることもあります。先生にも、本人から保健室に行きたいという要求があったときは許可をしてもらえるようにお願いしておくほうがいいかと思います。状況が個々違うので何とも言えませんが、休むことが続くと本格的に不登校になるかと思うので、お母様が付き添って登校できるならそのほうがいいかと思います。
親として苦しいでしょうが、焦らず「いざとなれば休んでもいいさ。命があればいい。」ぐらいに思って自分を責めないようにしてくださいね。